Tutoriel reproductible · Medyx Data

Préparer un échantillon pour une revue humaine.

Créer une file CSV avec source et identifiant intacts, sans remplir les annotations à la place des relecteurs.

Préparer une file de travail pour de vrais relecteurs.

Le script conserve les identifiants et les sources, et laisse les labels, qualifications et dates de revue vides. Il refuse d’écraser un fichier existant et ne transmet aucune annotation.

Extraction documentaire · revue médicale en attente

Préparer les fichiers

Python 3.12, bibliothèque standard uniquement. Télécharger les scripts ci-dessous dans un même dossier. Pour les données, conserver manifest.json, exports.json et les sous-dossiers exports/00 à exports/15 avec leurs chemins relatifs.

Télécharger les lots · manifest.json · exports.json

Les commandes ci-dessous utilisent un dossier local data/original et des scripts sous examples/original-data. Adapter --folder et le chemin du script à votre rangement. Aucun appel réseau ni aucune clé API n’est nécessaire.

Exécuter le script

python examples/original-data/review_sample.py --folder data/original --count 12 --output output/revue-12.csv

Comprendre la sélection

Les médicaments sont ordonnés par leur empreinte ; les observations sont ordonnées par identifiant. Le script prend une observation par médicament à chaque tour jusqu’à la taille demandée. Il s’agit d’un échantillon déterministe pour préparer le travail, sans représentativité statistique affirmée. Un fichier existant ne sera pas écrasé.

Renseigner une annotation réelle

Les champs reviewer_id, qualification, label, medical_relevance, reviewed_at et notes restent vierges. Le relecteur doit s’identifier, dater avec un fuseau et justifier son label. Les qualifications acceptées sont physician, pharmacist, documentalist ou data_reviewer. Seuls médecin ou pharmacien peuvent renseigner l’appréciation médicale.

Le partage développement/évaluation reste fixé par médicament. Un extrait ne remplace pas la lecture de son contexte. Le script ne transmet et n’importe aucune annotation. Dans le dépôt Medyx, un import distinct peut être effectué après revue avec python scripts/original_data/review.py --input output/revue-12.csv, puis les pages doivent être régénérées.

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Lire une fiche Medyx

  1. Identifiez la source officielle et sa date.
  2. Ouvrez le document plutôt qu’un résumé.
  3. Séparez détection mécanique et revue humaine.
  4. Medyx ne remplace pas un professionnel de santé.
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